Το 1570 εγκατέλειψε τη Βενετία και πήγε να εργαστεί στη Ρώμη. Στην Αιώνια Πόλη διεύρυνε τον κύκλο των γνωριμιών του και απέκτησε τέτοια αυτοπεποίθηση για την τέχνη του, ώστε να υποστηρίξει ότι αν καταστρέφονταν οι τοιχογραφίες της «Καπέλα Σιξτίνα» που είχε ζωγραφίσει ο Μιχαήλ Άγγελος, θα μπορούσε αυτός να κάμει καλύτερες. Η παρατήρησή του αυτή θεωρήθηκε τότε βλασφημία και επιτάχυνε την απόφασή του να εγκαταλείψει τη Ρώμη και σε συνδυασμό με τις γνωριμίες του στον κύκλο των Ισπανών ευγενών της Ρώμης να εγκατασταθεί αρχικά στη Μαδρίτη (1576) και τον επόμενο χρόνο στο Τολέδο.
Το 1578 είναι μια σημαντική χρονιά στη ζωή του Γκρέκο. Θα αποκτήσει το πρώτο και μοναδικό του παιδί, τον Χόρχε Μανουέλ, από τη σχέση του με τη δόνα Χερόνιμα δε λας Κουέβας, με την οποία θα ζήσει το υπόλοιπο του βίου του, αλλά δεν θα την παντρευτεί. Οι μελετητές του έργου του πιστεύουν ότι η δόνα Χερόνιμα εικονίζεται στην προσωπογραφία «Η κυρία με την ερμίνα».
Για πολλά χρόνια το όνομά του έμεινε στην αφάνεια και οι πίνακές του σε εκκλησίες και παλάτια της Ιταλίας και της Ισπανίας θεωρούνταν ως έργα κάποιου τρελού. Από τις αρχές του 20ου αιώνα το έργο του άρχισε να αναγνωρίζεται και σήμερα θεωρείται ένας από τους κορυφαίους εικαστικούς καλλιτέχνες όλων των εποχών, που επηρέασε ζωγράφους της μοντέρνας τέχνης, όπως ο Πάμπλο Πικάσο.
Πίνακες του Γκρέκο κοσμούν τα μεγαλύτερα μουσεία και ιδιωτικές συλλογές και η αξία κάποιων από αυτούς είναι αμύθητη. Στη χώρα μας υπάρχουν έξι έργα του Θεοτοκόπουλου: «Ο Άγιος Λουκάς ζωγραφίζει την Παναγία» και «Η Προσκύνηση των Μάγων» (Μουσείο Μπενάκη), «Στέψη της Θεοτόκου» και «Η Συναυλία των Αγγέλων» (Εθνική Πινακοθήκη), «Βάπτιση του Χριστού» και «Άποψη του Όρους και της Μονής Σινά» (Ιστορικό Μουσείο Κρήτης).
